论文成绩还没录入系统，能先提交毕业申请吗？

不建议。毕业申请要求论文和实践环节成绩已在自考系统可查，系统里没有记录，申请环节通常填不进去。先联系主考院校确认成绩录入进度，等成绩同步后再提交，避免被退回重来。