论文成绩不合格，会影响学位申请吗？

可能影响。毕业论文是本科段毕业的必备条件，成绩不合格不计学分，毕业申请不予受理；学位授予通常还涉及课程平均成绩、学位外语水平、毕业论文等要求，具体标准看主考院校学位细则。报名前先到院校官网查清楚，别套用其他学校的口径。