笔试还剩一两门的时候，能不能先报论文？

可以，但要看主考院校规定。多数院校允许在剩余少量笔试科目时申报论文，具体门槛以各校继续教育学院当年通知为准。提前报论文能压缩整体周期，避免笔试全过后再等申报窗口。