我在苏州考自考，笔试全过了但论文还没做，能先提交毕业申请吗？

不能。正文里已说明，实践性环节考核和毕业论文是独立的毕业条件，缺一项系统就提交不了。你需要先完成论文并达到主考院校规定成绩，再按江苏省教育考试院当次公告准备材料申请。