在函授站上课，毕业证和校本部上课的会不一样吗？

不会。两者拿的都是国民教育系列学历，国家承认，证书在学信网可查，证书上不标注就读地点。差别在上课方式、通勤成本和服务对接，不在证书本身。选哪个，看你的时间安排和通勤距离。