论文还没开始，可以先提交毕业申请吗？

不行。论文成绩合格是毕业的必要条件之一，论文环节没走完，学分再够也过不了这一关。建议剩余科目不多时就查主考院校的论文申报时间，能并行就并行，避免错过批次把毕业时间往后推。