论文答辩完了，是不是就可以直接提交毕业申请了？

不一定。答辩完成只说明写作环节结束，还要确认论文成绩已由主考院校录入系统并归档。系统里查不到成绩，提交申请也会被退回。建议答辩后主动向院校确认成绩上报情况，再对照流程表走下一步。