两所学校拿到的毕业证在学信网上有区别吗？

没有本质区别。通过成人高考取得的学历均属国民教育系列，国家承认，毕业证书都能在学信网电子注册查询。区别在于院校名称、专业和学习形式字段不同，选校时更应关注专业是否对口、上课是否方便，而不是毕业证本身。