湖州自考本科论文没通过，能不能先申请毕业？

不能。正文已说明，本科层次自考论文是硬门槛，未通过就没有毕业资格，申请递上去也会被退回。正确顺序是先补论文，通过后再谈毕业申请，别把顺序倒过来。