函授站上课拿的毕业证，和校本部上课拿的一样吗？

一样。两者都属于国民教育系列，毕业证书可在学信网电子注册查询，证书性质不因上课地点不同而改变。差别在通勤成本、面授频率和可用的校园资源，不在证书本身。选哪个，看你的时间安排和学习需求。