只拿毕业证不申请学位，会影响学历有效性吗？

不影响。毕业证书本身属国民教育系列，国家承认，可在学信网查询。学位是额外条件，需满足课程平均成绩、学位外语水平和毕业论文等要求才可申请，未达标仅获毕业证书、无学位，两者用途不同，按自身需要决定是否申请。