论文通过了，是不是就能直接申请毕业和学位？

不一定。毕业申请还需课程全部合格、实践环节完成；学位申请另有课程平均成绩、学位外语、论文成绩等要求，各校细则不同。打算申请学位的，论文成绩要求要提前向主考院校确认。