学费便宜的院校，拿到的本科学历会不会不被认可？

不会。通过成人高考等国民教育系列渠道取得的学历国家承认，可在学信网查询，与学费高低无关。真正影响后续使用的是学历能否在学信网查到，以及本科阶段是否达到学位授予条件拿到学士学位。