论文成绩有效期过了，但其他科目都合格，还能申请毕业吗？

不能直接申请。论文成绩过期后，需要重新向主考院校申报论文、参加答辩，拿到新的合格成绩后才能提交毕业申请。各校对论文成绩有效期规定不同，申报前先查主考院校继续教育学院官网的通知。