就近上课和通勤两小时，最后拿到的毕业证有区别吗？

没有区别。毕业证是否国家承认，取决于是否通过国民教育系列渠道取得、能否在学信网电子注册查询，与教学点远近无关。地点影响的只是路上耗时、交通开销和到课稳定性，进而可能影响课程成绩和学位申请，不改变毕业证本身的性质。