论文还没过，可以先提交毕业申请吗？

不行。论文（设计）合格是毕业申请的硬门槛之一，系统里查不到论文成绩就提交不过去。正确顺序是先报论文、答辩合格，再在毕业申请窗口提交材料。论文从报名到答辩通常要一个学期，建议理论课剩一两门时就报，别等全部考完再排队。